2012-2013年度中國醫療機構最佳雇主大型調查歷時3個月，共收集到2萬余名丁香園會員的寶貴投票。本次調查問卷的設計和分析在麥肯錫公司的幫助下更加完善，相較2011-2012年的評選，不僅投票人數翻了一番，而且調查表達也進行了大幅的優化。比如調查模塊擴展到醫療服務質量、薪酬福利待遇、個人晉級發展等六部分，而且指標也細化到了24個，權重亦由簡單的算術平均升級為加權平均。
最終，依據有效調查樣本達到30份或以上的原則，共有126家醫院進入待選榜，所有待選醫院均為三級甲等醫院。這其中，有八家醫院的綜合評分進入到“很好”的評價區間。
最佳雇主綜合排名前十強
在醫生眼中，對自己最好的醫院是那幾家呢？根據綜合排名表單，復旦大學附屬中山醫院蟾宮折桂，喜得頭名。排在其后的依次是協和醫院、解放軍總醫院、華中科大附屬同濟醫院以及復旦大學附屬華山醫院。四川大學華西醫院，吉林大學第一醫院，第三軍醫大學附屬第一醫院，廣東省中醫院，第二軍醫大學附屬長海醫院依次進入綜合排名前十名。
最佳雇主綜合排名前十強
表注：2—未參與2011-2012年度最佳雇主評選
此外，根據綜合得分，丁香園整理出排名前50的地區醫院。需要再次強調的是，有效調查樣本達到30份或以上的醫院方可進入評選。
最佳雇主綜合排名前50強
| 綜合排名 | 醫院 |
| 1 | 復旦大學附屬中山醫院 |
| 2 | 北京協和醫院 |
| 3 | 中國人民解放軍總醫院 |
| 4 | 華中科技大學同濟醫學院附屬同濟醫院 |
| 5 | 復旦大學附屬華山醫院 |
| 6 | 四川大學華西醫院 |
| 7 | 吉林大學第一醫院 |
| 8 | 第三軍醫大學第一附屬醫院 |
| 9 | 廣東省中醫院 |
| 10 | 上海市第二軍醫大學附屬長海醫院 |
| 11 | 北京大學第一醫院 |
| 12 | 中國人民解放軍第四軍醫大學西京醫院 |
| 13 | 鄭州大學第一附屬醫院 |
| 14 | 江蘇省人民醫院 |
| 15 | 山東大學齊魯醫院 |
| 16 | 中南大學湘雅二醫院 |
| 17 | 重慶醫科大學附屬兒童醫院 |
| 18 | 中南大學湘雅醫院 |
| 19 | 十堰市太和醫院 |
| 20 | 中國醫科大學附屬第一醫院 |
| 21 | 華中科技大學同濟醫學院附屬協和醫院 |
| 22 | 溫州醫學院附屬第二醫院 |
| 23 | 重慶醫科大學附屬第一醫院 |
| 24 | 中山大學附屬第一醫院 |
| 25 | 浙江大學醫學院附屬第一醫院 |
| 26 | 北京大學人民醫院 |
| 27 | 南京市鼓樓醫院 |
| 28 | 福建醫科大學附屬協和醫院 |
| 29 | 濟寧醫學院附屬醫院 |
| 30 | 新疆醫科大學第一附屬醫院 |
| 31 | 上海市第二軍醫大學附屬長征醫院 |
| 32 | 上海交通大學附屬新華醫院 |
| 33 | 廣西醫科大學第一附屬醫院 |
| 34 | 上海交通大學醫學院附屬瑞金醫院 |
| 35 | 浙江大學醫學院附屬第二醫院 |
| 36 | 北京大學第三醫院 |
| 37 | 山東省立醫院 |
| 38 | 武漢大學人民醫院 |
| 39 | 青島大學醫學院附屬醫院 |
| 40 | 南方醫科大學南方醫院 |
| 41 | 安徽省立醫院 |
| 42 | 徐州醫學院附屬醫院 |
| 43 | 哈爾濱醫科大學附屬第二醫院 |
| 44 | 天津醫科大學總醫院 |
| 45 | 西安交通大學醫學院第一附屬醫院 |
| 46 | 中山大學附屬第三醫院 |
| 47 | 安徽醫科大學第一附屬醫院 |
| 48 | 大連醫科大學附屬第一醫院 |
| 49 | 南昌大學第一附屬醫院 |
| 50 | 哈爾濱醫科大學附屬第一醫院 |