用java小例題說明更直觀：（可以直接編譯運行）
環境我在windows平臺下測試的。。。
需要在e:\下有ffmpeg.exe;mencoder.exe;drv43260.dll;pncrt.dll共4個文件。
如何得到這4個文件參考文章http://blog.sina.com.cn/u/4a424eca010005kb
還要在e:\input下放各種文件名為a的以下各種視頻文件；還要e:\output；java程序執行后能得到一個a.flv的已轉換的文件。
ffmpeg.exe能解析的格式：（asx，asf，mpg，wmv，3gp，mp4，mov，avi，flv等）
對ffmpeg.exe無法解析的文件格式(wmv9，rm，rmvb等),
可以先用別的工具（mencoder）轉換為avi(ffmpeg能解析的)格式；
mencoder.exe;drv43260.dll;pncrt.dll這3個文件是為文件格式(wmv9，rm，rmvb等）
轉換為avi(ffmpeg能解析的)格式準備的；再把轉換好的avi文件再用ffmpeg.exe轉換成flv格式的視頻文件。。。
 
java文件的內容如下：

import java.io.File;
import java.util.List;
public class ConvertVideo {
 
 private final static String PATH = "c:\\test\\a.mpg";
 public static void main(String[] args) {
        if(!checkfile(PATH)){
         System.out.println(PATH+" is not file");
         return;
        }       
  if (process()) {                 
            System.out.println("ok");
        }
 }
 
 private static boolean process() {       
  int type = checkContentType();
        boolean status = false;
        if (type==0) {
            status = processFLV(PATH);// 直接將文件轉為flv文件           
        } else if (type==1) {
            String avifilepath = processAVI(type);
            if (avifilepath == null)
                return false;// avi文件沒有得到
            status = processFLV(avifilepath);// 將avi轉為flv
        }
        return status;
    }
    private static int checkContentType() {
        String type = PATH.substring(PATH.lastIndexOf(".") + 1,
          PATH.length()).toLowerCase();
//ffmpeg能解析的格式：（asx，asf，mpg，wmv，3gp，mp4，mov，avi，flv等）
        if (type.equals("avi")) {
            return 0;
        } else if (type.equals("mpg")) {
            return 0;
        } else if (type.equals("wmv")) {
            return 0;
        } else if (type.equals("3gp")) {
            return 0;
        } else if (type.equals("mov")) {
            return 0;
        } else if (type.equals("mp4")) {
            return 0;
        } else if (type.equals("asf")) {
            return 0;
        } else if (type.equals("asx")) {
            return 0;
        } else if (type.equals("flv")) {
            return 0;
        }
        //對ffmpeg無法解析的文件格式(wmv9，rm，rmvb等), 可以先用別的工具（mencoder）轉換為avi(ffmpeg能解析的)格式.
        else if (type.equals("wmv9")) {
            return 1;
        } else if (type.equals("rm")) {
            return 1;
        } else if (type.equals("rmvb")) {
            return 1;
        }       
        return 9;
    }
   
    private static boolean checkfile(String path){
     File file=new File(path);
     if(!file.isFile()){
      return false;
     }
     return true;
    }
//  對ffmpeg無法解析的文件格式(wmv9，rm，rmvb等), 可以先用別的工具（mencoder）轉換為avi(ffmpeg能解析的)格式.
    private static String processAVI(int type) {
        List<String> commend=new java.util.ArrayList<String>();
        commend.add("e:\\mencoder");
        commend.add(PATH);
        commend.add("-oac");
        commend.add("lavc");
        commend.add("-lavcopts");
        commend.add("acodec=mp3:abitrate=64");
        commend.add("-ovc");
        commend.add("xvid");
        commend.add("-xvidencopts");
        commend.add("bitrate=600");
        commend.add("-of");
        commend.add("avi");
        commend.add("-o");
        commend.add("c:\\home\\a.avi");
       
        try{
         ProcessBuilder builder = new ProcessBuilder();
            builder.command(commend);
            builder.start();
            return "c:\\home\\a.avi";
        }catch(Exception e){
         e.printStackTrace();
         return null;
        }
    }
//  ffmpeg能解析的格式：（asx，asf，mpg，wmv，3gp，mp4，mov，avi，flv等）
    private static boolean processFLV(String oldfilepath) {
     
      if(!checkfile(PATH)){
          System.out.println(oldfilepath+" is not file");
          return false;
         }     
       
        List<String> commend=new java.util.ArrayList<String>();
        commend.add("e:\\ffmpeg");
        commend.add("-i");
        commend.add(oldfilepath);
        commend.add("-ab");
        commend.add("64");
        commend.add("-acodec");
        commend.add("mp3");
        commend.add("-ac");
        commend.add("2");
        commend.add("-ar");
        commend.add("22050");
        commend.add("-b");
        commend.add("230");
        commend.add("-r");
        commend.add("24");
        commend.add("-y");
        commend.add("c:\\home\\a.flv");
        try {
            ProcessBuilder builder = new ProcessBuilder();
            builder.command(commend);
            builder.start();
            return true;
        } catch (Exception e) {
            e.printStackTrace();
            return false;
        }
    }
 
}